Perteneciente a la Orden Franciscana, el Colegio San Carlos fue fundado el 19 de diciembre de 1810 como centro evangelizador y educativo para los niños de la región.  Su primer director fue el Hno. Fray Manuel del Carmen Peña, quien permaneció en ese cargo durante 38 años. La escuela creció y deambuló por diversos lugares del convento hasta que en 1910 se coloca la piedra fundamental parta la construcción del actual edificio, inaugurado en 1914. En 1958 se inicia el ciclo secundario, adaptándose a los tiempos que exigían mejorar la oferta educativa de la ciudad y la región.